本院現有醫學檢驗生物技術系(碩士班)、醫學影像暨放射科學系(博、碩士班)、牙體技術暨材料系(碩士班)、醫學工程暨材料研究所、食品科技系(碩士班)、視光系、生物科技研究所、環境與安全衛生工程系(碩士班) 及生物科技暨醫學工程研究所，共有6系1獨立所，為本校教學單位最多之學院。醫技、放射於為本校創校之初即創辦，牙技系則是獨佔全國唯一學系多年，食品科技系居次，其餘環安、視光系則為近年因應社會環境變遷所新成立之系所。本院早期成立之學系根基穩固，頗富聲譽，而新成立系所體質極佳，二者相輔相成。

另，本院自102學年度即成立任務編組，103學年度正式設立一基礎醫學教學中心，該中心涵蓋解剖、生理、生物化學、微生物與免疫、病理及藥理等六大學群，負責統整校內基礎醫學教學資源，透過適當規劃與溝通協調，使基礎醫學之敎育資源不局限於單一系所學生，而能由全校師生共享，這種良性的互動，是提升中臺基礎醫學教育重要的依據。

本院助理教授以上師資達89%，師生比遠優於教育部所定標準。多年來，除了學校浥注大量經費外，每年均獲得教育部發展重點特色計畫之經費補助，教學儀器設備充實且新穎，堪稱一流。在本院優秀師資諄諄善誘、誨人不倦之教學下，學生報到率逾九成，醫事類專技考試及格率高於全國平均率，醫事檢驗師、醫事放射師及牙體技術師更曾同年囊括榜首，歷年已培育無數榜首及前十名內之優秀人才。再者，本院與校內其他院系共同申請教育部之獎勵科技大學教學卓越計畫，95-105年所獲得之補助經費已達3億1,400萬元，顯見本院教學成效已深獲肯定。